好氧堆制发酵过程一般分三个阶段：起始阶段、高温阶段和降温熟化阶段。参与过程的主要微生物种类是细菌、真菌以及放线菌。
1、起始阶段
不耐高温的微生物分解有机物中易讲解的碳水化合物、脂肪等，同时释放热量使物料温度上升，温度可达40℃。
2、高温阶段
耐高温的微生物迅速繁殖，在有氧的条件下，大部分能降解的蛋白质，纤维等继续被氧化分解，同时放出大量热量，使物料温度上升至60-70℃，这时病原菌和寄生虫大数可被杀死。
3、降温熟化阶段
高温阶段必然造成微生物的死亡和活动减少，自然进入低温阶段。在这一阶段，嗜热性微生物有开始占据优势，对残余难分解的有机物料做进一步的分解，但微生物活性普遍下降，堆体发热量减少，温度开始下降，有机物趋于稳定化，需氧量大大减少，堆制发酵进入腐熟或后熟阶段，形成腐殖质。
